No meu caso a corrida, lógico que tudo depende da intensidade e do tempo, ela me trouxe um gasto calórico maior que a natação, assim eliminando melhor as gorduras.
A natação, como voce mesmo citou, ela te trará um maior cansaço muscular, e isso impede que a parte cardiovascular seja executada no maximo.
Resumindo, a corrida trabalha mais a parte de resistencia e cardiovascular, te proporcionando um gasto calórico maior.
Fiquei 2 anos na area profissional de natação, dos 15 aos 17 anos, por isso tenho essas experiencias, ouvia muito os mais experientes falarem.
Agora um concelho, natação junto com musculação sem ser profissional é furada, a não ser que voce esteje em um nivel inicial ou intermediario.
Vlw.